Po rozdělení Československa a osamostatnění české fotbalové ligy se Sigma Olomouc na dvě sezóny vzdálila pozicím na špici ligové tabulky. Ve druhé polovině 90. let se tam však vrátila. Na stadionu mezitím proběhly velké změny.

Do samostatné ligy vstupoval stadion se staronovým názvem. Socialistický název „Stadion Míru“ se stal minulostí. Od ročníku 1993/94 se již opět hrávalo na Andrově stadionu, tedy na počest Josefa Andera, který ve 2. polovině 30. let inicioval, a z vlastních zdrojů též financoval vznik fotbalového chrámu v Olomouci. Dědicům tohoto fotbalového mecenáše byly stadion i pozemky kolem něj po sametové revoluci v restituci vráceny, klub je od nich však rychle odkoupil. Součástí dohody o koupi bylo též jeho přejmenování, s čímž klub SK Sigma Olomouc nemohl z úcty k Anderovi jinak než souhlasit. Vedle toho získal „Andrák“ před sezónou 1993/94 konečně umělé osvětlení, díky čemuž si příznivci klubu mohli konečně vychutnat atmosféru večerních zápasů, což do té doby v Olomouci možné nebylo. Proběhla též kompletní výměna trávníku i s podložím. Kvůli tomu tak Sigma hned své historicky první ligové utkání v samostatné lize neodehrála na Andrově stadionu. Trávník totiž ještě nebyl připraven na zápasové vytížení, a tak se duel 1. kola mezi Sigmou Olomouc a Baníkem Ostrava odehrál v Prostějově.

V sezóně 1995/96 se Sigma Olomouc vrátila na pozice, které držela počátkem 90. let. Ve zmíněném ročníku dosáhla na 2. místo, což je doposud nejlepší ligové umístění, jakého klub dosáhl. Kaňkou na tomto skvělém výsledku bylo překvapivé vypadnutí z Poháru UEFA hned v 1. kole, kdy Sigma nestačila na polský Hutnik Krakow. Na další velký tým si tak Haná musela ještě nějakou dobu počkat. Stalo se tak v sezóně, na jejímž počátku měla Sigma zcela jiné starosti, než přemýšlení o bojích s tuzemskou špičkou.

V létě 1997 zasáhly celou Moravu a Slezsko ničivé povodně. Hladina vody v řekách a potocích začala po vydatných deštích v rozmezí 4. – 8. července stoupat. Postupně se ze svých koryt vylévaly řeky Bečva,  Morava, Opava, Orlice, Odra a další toky.  Již 7. července dorazila velká voda na předměstí Olomouce, zatopeny byly okrajové části Chomoutov a Nové Sady, centrum prozatím zůstalo nedotčeno. O den později již voda pronikla do centra města. Symbolem povodní se stal most u Bristolu, který se pro obyvatele Olomouce stal jakýmsi ukazatelem výšky vodního živlu. Přístupové cesty do města byly zatopeny, město se potýkalo s výpadkem elektřiny. Na několik dnů se hanácká metropole ocitla prakticky odříznuta od okolního světa. Stav povodňového nebezpečí v Olomouci trval až do 23. července. Voda ustupovala z města velice pomalu. Symbolem zkázy na Olomoucku se stala zejména vesnice Troubky, která byla prakticky srovnána se zemí, a kde také zemřelo 9 lidí.

Ničivý živel se nezastavil před ničím, cestu si našel i do útrob Androva stadionu. V době, kdy se hráči vraceli z dovolené a měli nastoupit přípravu, sahala voda zhruba do dvou třetin výšky brankových konstrukcí. Zničen byl veškerý nábytek v přízemí hlavní tribuny, dále dresy, kopačky aj. vybavení, palubová podlaha tělocvičny, zařízení hotelu Gól. Zkrátka vše. Pro ligové áčko, které mělo 1. srpna zahájit novou sezónu, to znamenalo odložení začátku přípravy o několik dnů. Neuskutečnilo se ani plánované soustředění v Německu, protože týmu chyběla potřebná výstroj. Někteří z hráčů se navíc museli potýkat s následky, které vodní živel napáchal v jejich domovech.

Takto informoval o situaci na Andrově stadionu olomoucký Povodňový zpravodaj ze 14. července 1997:

„Areál Sigmy byl zatopen, liga snad ale bude

Škody, které napáchal vodní živel v areálu stadionů TJ Sigma, jsou dle slov správce budov Jana Chladila těžko odhadnutelné. Zdá se však, že osud sportovišť je lhostejný aktivním olomouckým sportovcům, neboť, jak správce řekl, do dneška se ani jeden neohlásil s nabídkou pomoci, natož aby přiložil ruku k dílu.

Likvidací škod se zabývají pouze zaměstnanci areálu, jimž asistují vojáci z hejčínských kasáren a dobrovolný hasičský sbor z Luběnic, čerpací agregát dodala firma ISH. O začátek fotbalové ligy však nemusejí mít Olomoučané strach. Voda z Androva stadionu je již vyčerpána a terén vysychá.
Jak správce dále uvedl, živlem utrpěly také interiéry budov. Odhaduje, že přes 60 % nábytku je „na odpis“, palubové krytiny se strhávají a po letošních zkušenostech asi nebudou všude ani obnoveny. Voda zlikvidovala všechno elektropříslušenství. Ve východní části tribuny byl zcela zaplaven a prakticky zničen hotel Gól. Jeho vedoucí Ctibor Herník odhaduje, že škody dosahují přibližně 1,2 miliónu korun, budova musí vysychat asi dva měsíce a další měsíc bude trvat rekonstrukce.“

Tým trenéra Milana Bokši se tak připravoval v azylu, který mu poskytly vesnice v okolí, jimž se velká voda vyhnula. Shodou okolností přestoupil před začátkem sezóny 1997/98 Miroslav Baranek ze Sigmy do Sparty Praha. Výnos z tohoto přestupu využil klub k rekonstrukci Androva stadionu. Čas však byl neúprosný, a tak musela Sigma zažádat o odklad utkání 1. kola Gambrinus ligy proti Teplicím, které se v Olomouci nemohlo odehrát. K dalším zápasům však již Sigma nastoupila podle plánu na Andrově stadionu. Sezónu Hanáci zakončili na skvělém 3. místě, které znamenalo postup do Poháru UEFA. A díky tomu v létě 1998 do Olomouce přijel na Andrův stadion rok po povodni slavný francouzský Olympique Marseille.

80 let Androva stadionu

1. Historie fotbalových pažitů v Olomouci

2. Josef Ander

3. Stavba Androva stadionu a jeho otevření

4. Stadion v době druhé světové války

5. Stadion Míru a roky chátrání

6. Domov Sigmy

7. První liga zpět na stadionu

8. Přijíždějí giganti

9. Povodně v Olomouci

10. Západní tribuna

11. Východní tribuna

12. Severní tribuna

13. Jižní tribuna

14. Zápas století

15. Návštěvnost na Andrově stadionu

16. Malé Euro

17. Reprezentace na Andrově stadionu